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單菌全基因組測(cè)序檢測(cè)

原創(chuàng)發(fā)布者：北檢院發(fā)布時(shí)間：2025-04-09 點(diǎn)擊數(shù)：

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注意：因業(yè)務(wù)調(diào)整，暫不接受個(gè)人委托測(cè)試望見諒。

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<!DOCTYPE html> <html> <head> <title>單菌全基因組測(cè)序檢測(cè)技術(shù)解析與應(yīng)用</title> <meta charset="UTF-8"> </head> <body> <h1>單菌全基因組測(cè)序檢測(cè)技術(shù)解析與應(yīng)用</h1> <h2>導(dǎo)語</h2> 單菌全基因組測(cè)序（Whole Genome Sequencing, WGS）是一種通過對(duì)單一微生物菌株的完整基因組進(jìn)行高通量測(cè)序，揭示其遺傳信息、功能基因及進(jìn)化特征的核心技術(shù)。本文從檢測(cè)樣品、項(xiàng)目、方法及儀器角度，系統(tǒng)闡述其應(yīng)用流程。 <h2>檢測(cè)樣品</h2> 適用于細(xì)菌、古菌或真菌的純培養(yǎng)菌株。樣品需滿足DNA純度（OD260/280=1.8-2.0）、濃度≥20 ng/μL且基因組完整性高。常見樣本類型包括環(huán)境分離菌株、臨床病原菌及工業(yè)發(fā)酵菌種。 <h2>檢測(cè)項(xiàng)目</h2> 核心分析內(nèi)容包括：基因組從頭組裝與注釋、毒力因子鑒定、抗生素耐藥基因篩查、次級(jí)代謝產(chǎn)物合成基因簇預(yù)測(cè)、核心/泛基因組分析及系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建?？蛇x附加服務(wù)涵蓋CRISPR序列識(shí)別、質(zhì)粒圖譜繪制及表型-基因型關(guān)聯(lián)分析。 <h2>檢測(cè)方法</h2> 采用Illumina短讀長測(cè)序與Nanopore/Oxford Nanopore長讀長測(cè)序相結(jié)合的混合組裝策略。實(shí)驗(yàn)流程分為四階段：①超聲破碎法制備350 bp插入文庫；②Illumina平臺(tái)雙端測(cè)序（2×150 bp）；③Nanopore連續(xù)測(cè)序獲取>10 kb讀長；④SPAdes軟件進(jìn)行混合組裝優(yōu)化。 <h2>檢測(cè)儀器</h2> 主要設(shè)備包括：Illumina NovaSeq 6000高通量測(cè)序儀（通量18-44 Tb/run）、Oxford Nanopore PromethION（實(shí)時(shí)單分子測(cè)序）、Qubit 4.0熒光定量儀（DNA精準(zhǔn)定量）及Covaris M220聚焦超聲儀（片段化控制）。質(zhì)控階段使用Agilent 4200 TapeStation進(jìn)行DNA完整性評(píng)估。 <h2>結(jié)語</h2> 單菌全基因組測(cè)序?yàn)槲⑸锓诸愯b定、致病機(jī)制研究和工業(yè)菌種改良提供分子基礎(chǔ)。本檢測(cè)方案通過多平臺(tái)數(shù)據(jù)整合，顯著提升基因組組裝完整度（N50>200 kb），支持菌株水平的精準(zhǔn)分子診斷與功能挖掘。 </body> </html>