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甲基化全基因組測(cè)序檢測(cè)

原創(chuàng)發(fā)布者:北檢院    發(fā)布時(shí)間:2025-04-09     點(diǎn)擊數(shù):

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甲基化全基因組測(cè)序在疾病研究與生物標(biāo)志物開發(fā)中的應(yīng)用

檢測(cè)樣品 甲基化全基因組測(cè)序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS)的檢測(cè)樣品主要來(lái)源于人體組織、血液、唾液或培養(yǎng)細(xì)胞等。常見樣本類型包括:

  • 疾病組織樣本:如腫瘤組織、炎癥病變組織等。
  • 外周血樣本:用于無(wú)創(chuàng)檢測(cè)循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)中的甲基化特征。
  • 干細(xì)胞與類器官:研究發(fā)育或分化過程中的表觀遺傳調(diào)控機(jī)制。

檢測(cè)項(xiàng)目 甲基化全基因組測(cè)序的核心目標(biāo)是解析全基因組范圍內(nèi)所有CpG位點(diǎn)的甲基化狀態(tài),具體檢測(cè)內(nèi)容包括:

  1. 全基因組甲基化圖譜繪制:覆蓋超過90%的CpG位點(diǎn),提供單堿基分辨率數(shù)據(jù)。
  2. 差異甲基化區(qū)域(DMRs)鑒定:通過組間比較篩選與疾病、環(huán)境暴露或表型相關(guān)的甲基化標(biāo)志物。
  3. 功能關(guān)聯(lián)分析:結(jié)合轉(zhuǎn)錄組或染色質(zhì)開放區(qū)域數(shù)據(jù),探索甲基化對(duì)基因表達(dá)的調(diào)控作用。

檢測(cè)方法 甲基化全基因組測(cè)序基于亞硫酸鹽處理與高通量測(cè)序技術(shù),主要流程如下:

  1. DNA提取與質(zhì)控:使用磁珠法或酚氯法提取高質(zhì)量基因組DNA,并通過瓊脂糖凝膠電泳和Qubit定量確保完整性。
  2. 亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化:利用重亞硫酸鹽處理將未甲基化的胞嘧啶轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,甲基化胞嘧啶保持不變。
  3. 文庫(kù)構(gòu)建與測(cè)序:將轉(zhuǎn)化后的DNA片段化,連接測(cè)序接頭后進(jìn)行PCR擴(kuò)增,構(gòu)建雙末端測(cè)序文庫(kù)。
  4. 生物信息學(xué)分析:通過比對(duì)參考基因組、甲基化位點(diǎn)識(shí)別及差異分析,生成可視化報(bào)告。

檢測(cè)儀器 甲基化全基因組測(cè)序依賴于高精度儀器與數(shù)據(jù)分析平臺(tái):

  • 測(cè)序儀:Illumina NovaSeq 6000或HiSeq X Ten系統(tǒng),支持雙端150 bp讀長(zhǎng),確保高覆蓋度與準(zhǔn)確性。
  • 亞硫酸鹽處理設(shè)備:EpiTect Fast DNA Bisulfite Kit(Qiagen)或EZ DNA Methylation-Lightning Kit(Zymo Research)。
  • 數(shù)據(jù)分析平臺(tái):集成Bismark、MethylKit等工具的高性能計(jì)算集群,實(shí)現(xiàn)海量數(shù)據(jù)的快速處理與注釋。

結(jié)果與意義 甲基化全基因組測(cè)序可揭示疾病發(fā)生、發(fā)展中的表觀遺傳異常,例如在癌癥中發(fā)現(xiàn)的抑癌基因高甲基化沉默或原癌基因低甲基化激活。此外,該技術(shù)為液體活檢提供新型生物標(biāo)志物,助力早期診斷與個(gè)性化治療。

應(yīng)用方向

  1. 腫瘤早篩:通過血液樣本檢測(cè)腫瘤特異性甲基化標(biāo)記物。
  2. 神經(jīng)退行性疾病研究:探索阿爾茨海默病等疾病中的甲基化調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
  3. 環(huán)境暴露評(píng)估:分析污染物或生活方式對(duì)表觀基因組的長(zhǎng)期影響。

通過甲基化全基因組測(cè)序,研究者能夠從分子層面解析復(fù)雜生物學(xué)問題,為精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)和轉(zhuǎn)化研究提供關(guān)鍵技術(shù)支持。

實(shí)驗(yàn)儀器

實(shí)驗(yàn)室儀器 實(shí)驗(yàn)室儀器 實(shí)驗(yàn)室儀器 實(shí)驗(yàn)室儀器

測(cè)試流程

甲基化全基因組測(cè)序檢測(cè)流程

注意事項(xiàng)

1.具體的試驗(yàn)周期以工程師告知的為準(zhǔn)。

2.文章中的圖片或者標(biāo)準(zhǔn)以及具體的試驗(yàn)方案僅供參考,因?yàn)槊總€(gè)樣品和項(xiàng)目都有所不同,所以最終以工程師告知的為準(zhǔn)。

3.關(guān)于(樣品量)的需求,最好是先咨詢我們的工程師確定,避免不必要的樣品損失。

4.加急試驗(yàn)周期一般是五個(gè)工作日左右,部分樣品有所差異

5.如果對(duì)于(甲基化全基因組測(cè)序檢測(cè))還有什么疑問,可以咨詢我們的工程師為您一一解答。

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