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全基因組轉(zhuǎn)錄組檢測

原創(chuàng)發(fā)布者:北檢院    發(fā)布時間:2025-04-09     點擊數(shù):

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全基因組轉(zhuǎn)錄組檢測技術(shù)解析與應(yīng)用

一、檢測樣品 全基因組轉(zhuǎn)錄組檢測適用于多種生物樣本,包括但不限于動植物組織、細(xì)胞培養(yǎng)物、血液、唾液及微生物樣本。樣品需滿足高質(zhì)量RNA提取要求,建議使用新鮮樣本或經(jīng)液氮速凍后保存于-80℃的樣本,避免反復(fù)凍融。運輸過程中需采用干冰或低溫冷鏈,確保RNA完整性。

二、檢測項目

  1. 基因表達(dá)譜分析:全面檢測樣本中所有基因的表達(dá)水平,揭示基因在不同生理或病理狀態(tài)下的調(diào)控模式。
  2. 差異表達(dá)基因篩選:通過組間對比,識別顯著上調(diào)和下調(diào)的基因,挖掘潛在生物標(biāo)志物。
  3. 功能富集分析:對差異基因進(jìn)行GO(基因本體)和KEGG(京都基因與基因組百科全書)通路分析,解析生物學(xué)功能。
  4. 可變剪切事件檢測:識別轉(zhuǎn)錄本的可變剪切形式,探索基因表達(dá)的復(fù)雜性。
  5. 非編碼RNA分析:涵蓋miRNA、lncRNA等非編碼RNA的表達(dá)與功能研究。

三、檢測方法

  1. RNA提取與質(zhì)控 采用TRIzol法或磁珠法提取總RNA,通過Agilent 2100生物分析儀檢測RNA完整性(RIN值≥7),并使用Qubit熒光定量儀測定濃度。
  2. 文庫構(gòu)建 利用Illumina TruSeq Stranded mRNA建庫試劑盒,完成mRNA富集、片段化、逆轉(zhuǎn)錄及雙端接頭連接,構(gòu)建高通量測序文庫。
  3. 高通量測序 基于Illumina NovaSeq 6000平臺進(jìn)行雙端測序(PE150),單樣本數(shù)據(jù)量≥6 Gb,確?;蚋采w深度。
  4. 數(shù)據(jù)分析 原始數(shù)據(jù)經(jīng)質(zhì)控過濾后,使用HISAT2比對參考基因組,StringTie進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本組裝,DESeq2分析差異表達(dá),ClusterProfiler完成功能注釋。

四、檢測儀器

  1. Agilent 2100生物分析儀:用于RNA完整性檢測,確保樣本符合測序要求。
  2. Illumina NovaSeq 6000:高通量測序核心設(shè)備,支持大規(guī)模并行測序。
  3. Qubit 4.0熒光定量儀:精準(zhǔn)測定RNA濃度,避免傳統(tǒng)分光光度法的干擾。
  4. 高性能計算集群:搭載生物信息分析軟件(如TopHat、Cufflinks),完成數(shù)據(jù)挖掘與可視化。

五、技術(shù)優(yōu)勢與應(yīng)用場景 全基因組轉(zhuǎn)錄組檢測可全面解析基因表達(dá)動態(tài),廣泛應(yīng)用于疾病機(jī)制研究(如癌癥、神經(jīng)退行性疾?。?、藥物靶點篩選、農(nóng)業(yè)育種及環(huán)境脅迫響應(yīng)等領(lǐng)域。其高靈敏度與高分辨率特性,為精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)和分子生物學(xué)研究提供關(guān)鍵數(shù)據(jù)支撐。

結(jié)語 隨著測序成本的降低和生物信息學(xué)工具的完善,全基因組轉(zhuǎn)錄組檢測已成為生命科學(xué)研究的常規(guī)手段。通過標(biāo)準(zhǔn)化實驗流程與智能化數(shù)據(jù)分析,該技術(shù)將持續(xù)推動基礎(chǔ)研究與臨床轉(zhuǎn)化的深度融合。

實驗儀器

實驗室儀器 實驗室儀器 實驗室儀器 實驗室儀器

測試流程

全基因組轉(zhuǎn)錄組檢測流程

注意事項

1.具體的試驗周期以工程師告知的為準(zhǔn)。

2.文章中的圖片或者標(biāo)準(zhǔn)以及具體的試驗方案僅供參考,因為每個樣品和項目都有所不同,所以最終以工程師告知的為準(zhǔn)。

3.關(guān)于(樣品量)的需求,最好是先咨詢我們的工程師確定,避免不必要的樣品損失。

4.加急試驗周期一般是五個工作日左右,部分樣品有所差異

5.如果對于(全基因組轉(zhuǎn)錄組檢測)還有什么疑問,可以咨詢我們的工程師為您一一解答。

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